菁芜洲镇位于通道侗族自治县县境中部（北纬26°16′,东经109°43′），东与万佛山镇接壤，西与县溪镇毗邻，南与双江镇、牙屯堡镇交界，北与溪口镇接壤。境内群山起伏，溪河环绕，海拔600米以上的山峰有5座，最高峰塘头岭785.9米。镇区距县城20公里，209国道、菁杉公路、更水公路呈十字行交汇于此，32公里的县、乡道相连接周边乡镇，村村通路通车。境内野生动植物资源丰富，水能蕴藏量较大，建有金竹滩、銮塘、老王脚水电站。有小（一）型水库一座，小（二）型水库4座，总库容量210余万立方米，有效灌溉面积达2000余亩。盛产水果、蔬菜，芙蓉村一带家制的盐菜，制作工艺独特，香酿可口，知名度较高。

该镇以驻地村菁芜洲得名。新中国成立前属绥宁县蓉江乡，1951年划入通道县第五区，1956年成立菁芜洲乡，始名。1958年并入双江公社，1961年从双江公社析出，1984年改社建乡，1999年7月，经省人民政府批准，撤乡建镇至今。    

全镇总面积136.37平方公里，其中耕地面积21544.7亩，林地面积181047.6亩，森林覆盖率73.7%，活立木蓄积量50万立方米。全镇下辖13个村，1个居委会，126个村民小组。全镇4175户，总人口1.8234万人，少数民族人口1.6920万人，占总人口的96%，农业人口1.6174万人，全镇农民人均纯收入超过11000元。有卫生院1所，镇办初级中学1所，中心小学1所。